Nas interações negativas, uma ou ambas as espécies envolvidas sofrem alguma perda, por exemplo, diminuição do número de indivíduos nas populações por mortalidade. Existem cinco tipos de interações negativas: predação, herbivoria, competição, parasitismo e infecção.

Predação (+ -): Uma espécie animal consome parte ou todo o indivíduo de outra espécie animal. 

Os predadores capturam indivíduos e os consomem, portanto removem as presas de sua população. Comumente matam muitas presas, de uma ou de várias espécies, durante sua vida. Na cadeia trófica, os predadores são consumidores, em geral, de herbívoros. São exemplos a maioria dos carnívoros, como os leões, tigres, águias e tubarões. Diferente do que se pode imaginar, existem outros predadores a nossa volta que atuam a todo momento, como por exemplo as aranhas que consomem insetos.

Os efeitos negativos da predação para as populações de uma espécie, em geral, são pequenos, já que normalmente a capacidade de consumo do predador é menor do que a taxa de reposição da presa. Em alguns casos, a predação contínua e severa levaria à redução da população da presa pela população do predador podendo conduzir à extinção de uma ou de ambas as populações. Ou seja, em longo prazo, as interações predador-presa tendem a caminhar para a coexistência.

Herbivoria (+ -): Uma espécie animal consome parte ou todo o indivíduo de uma espécie vegetal. Neste último caso, o animal estaria atuando como predador da planta.

A herbivoria é uma relação ecológica importante na natureza, pois é por meio dos herbívoros que a energia luminosa capturada pelas plantas (e convertida em energia química) é transferida para os níveis tróficos seguintes. São exemplos mais familiares os grandes vertebrados herbívoros, como cervos, ovinos e bovinos, no entanto, são os insetos (como os grilos da foto acima) os responsáveis pelo maior consumo de folhas do planeta.

Competição (- -):

É uma interação entre indivíduos provocada pela necessidade comum de um recurso limitado; a competição pode ocorrer tanto pelo uso quanto pela defesa de um recurso por um indivíduo que reduz sua disponibilidade para outros indivíduos. Como consequência, há redução da sobrevivência, crescimento e/ou reprodução de pelo menos alguns dos indivíduos competidores envolvidos.

Uma grande variedade de recursos pode estar relacionada com as interações de competição. As plantas podem competir por luz, nutrientes e água, assim como por polinizadores e espaço. Água, alimento, espaço e parceiros para reprodução são possíveis recursos que também podem ser alvo de competição por animais.

A competição pode ocorrer entre indivíduos de duas ou mais espécies diferentes ou entre indivíduos de uma mesma espécie. Quando a competição ocorre entre indivíduos da mesma espécie denominamos de competição intraespecífica. É o que ocorre, por exemplo, em um banco de plântulas quando muitas sementes germinam. Como os indivíduos estão aglomerados (em alta densidade), a competição tende a ser maior entre eles. Os níveis de recursos disponíveis portanto são dependentes da densidade dos indivíduos localmente. Por exemplo, a competição dentro das populações naturais surge com a reduçãodos níveis de recursos que é dependente da densidade dos indivíduos. Dessa forma, se a competição por recurso ocorrer pelo aumento da densidade dos indivíduos localmente, conseqüentemente ocorrerá uma diminuiçãoda fecundidade e sobrevivência de alguns indivíduos, contribuindo para a regulação do tamanho populacional da espécie.

Quando há competição entre indivíduos de espécies diferentes denominamos de competição interespecífica, o que causa efeito de redução mútua em ambas as populações. De maneira geral, pode ocorrer a eliminação de espécies de um hábitat por competição com indivíduos de outras espécies ou, se as espécies competidoras puderem coexistir, pelo menos umadelas deverá sofrer reduções na sobrevivência e/ou fecundidade.

Em algumas interações competitivas, um ou ambos os indivíduos envolvidos produzem substâncias químicas que inibem o crescimento de indivíduos da mesma espécie ou de outra espécie. Entre as plantas esse fenômeno é conhecido como alelopatia.

Parasitismo (+ -):

Duas espécies vivem em uma associação fisicamente fechada e obrigatória na qual uma delas (o parasita) depende metabolicamente da outra (o hospedeiro). Os parasitas são geralmente organismos multicelulares e alguns também são patógenos, ou seja, causam doenças. Os parasitas podem viver externamente (ectoparasitas) ou internamente (endoparasitas) no corpo do hospedeiro. São exemplos os carrapatos e a lombriga,Ascaris lumbricoides,que pode causar a doença ascaridíase em humanos.

Os parasitas obtêm seus recursos de um ou de poucos hospedeiros durante sua vida e existe uma associação íntima entre ambos parasitas e seus hospedeiros. O parasitismo pode diminuir a capacidade reprodutiva de seu hospedeiro e pode aumentar a probabilidade de morte por outras causas, mas o parasita por si próprio não remove o indivíduo hospedeiro de sua população. Contudo, se a infestação for severa pode causar a morte do hospedeiro.

Uma interação peculiar é a dos parasitoides, grupo constituído principalmente por vespas e moscas, que parasitam indivíduos de outras espécies impedindo-os de alcançar a fase adulta reprodutiva. Os adultos de espécies parasitoides são de vida livre, mas põem seus ovos em outros organismos e suas larvas consomem os tecidos de hospedeiros vivos – normalmente ovos, larvas e pupas de outras espécies de insetos. Essa estratégia inevitavelmente leva à morte do hospedeiro, mas não antes que a larva do parasitoide tenha empupado. As larvas dos parasitoides se desenvolvem geralmente dentro do hospedeiro (endoparasitoides), mas em alguns casos pode ser sobre o corpo do hospedeiro (ectoparasitoides). Muitas vezes, apenas um parasitoide se desenvolve em cada hospedeiro, porém, em alguns casos, vários indivíduos compartilham um hospedeiro. Portanto, os parasitoides estão intimamente associados com um único hospedeiro, assim como os parasitas.

Infecção (+ -):

O patógeno vive dentro ou sobre o hospedeiro e prejudica o funcionamento fisiológico do hospedeiro. Os patógenos incluem microrganismos, como algumas bactérias e fungos, assim como vírus e príons (corpos protéicos). Os patógenos podem diminuir a capacidade reprodutiva do hospedeiro e até mesmo causar a sua morte. Algumas doenças podem diminuir drasticamente a população da espécie hospedeira e, inclusive, podem causar problemas econômicos. São exemplos a doença da vaca louca, que também pode ser transmitida para os humanos, e a vassoura-de-bruxa no cacaueiro.